El Congreso Chileno de Estudiantes de Medicina (CoCEM) nace como inquietud del Directorio 2013-2016 de la Academia Científica de Estudiantes de Medicina de la Universidad de Chile (ACEM UChile).
Los Miembros de la ACEM UChile lograron presentar el proyecto para su realización en 2016, el cual tuvo una gran bienvenida y aprobación de las autoridades de la Facultad de Medicina de la Universidad de Chile (Decano Dr. Manuel Kukuljan Padilla) y la Dirección de Asuntos Estudiantiles (Prof. Antonio Mondaca Rivas).
En su primera versión contó con el apoyo de la Academia Científica de Estudiantes de Medicina de la Pontificia Universidad Católica de Chile (ACEM UC), con quien se había tenido una larga historia de colaboración y trabajo en conjunto, Academia que en lo sucesivo se integraría plenamente como co-organizador del Congreso. Hasta la actualidad, ha sido una colaboración fructífera, con un trabajo encabezado conjunto de excelencia.
Este Congreso se alimenta de la experiencia de otros congresos estudiantiles previamente organizados por ambas Academias y se inspira en el Primer Congreso de Estudiantes de Medicina de Chile, que fue realizado en la Facultad de Medicina de la Universidad de Chile en 1978 y fue presisido por el Dr. Pedro Paulo Marín.